Systém EES sa neuplatňuje na:
– štátnych príslušníkov európskych krajín používajúcich systém EES, ako ani na štátnych príslušníkov Cypru a Írska,
– štátnych príslušníkov tretích krajín, ktorí sú držiteľmi pobytového preukazu a sú v priamom príbuzenskom vzťahu so štátnym príslušníkom EÚ,
– štátnych príslušníkov tretích krajín, ktorí sú držiteľmi pobytového preukazu a sú v priamom príbuzenskom vzťahu so štátnym príslušníkom tretej krajiny, ktorý môže cestovať v rámci Európy ako občan EÚ,
– štátnych príslušníkov tretích krajín cestujúcich do Európy v rámci vnútropodnikového presunu alebo na účely výskumu, štúdia, odborného vzdelávania, dobrovoľníckej služby, výmenných programov žiakov alebo vzdelávacích projektov a činnosti aupair,
– osoby, ktoré sú držiteľmi povolení na pobyt alebo dlhodobých víz,
– štátnych príslušníkov Andorry, Monaka a San Marína a držiteľov pasov vydaných Vatikánskym mestským štátom alebo Svätou stolicou,
– osoby, ktoré sú oslobodené od hraničných kontrol alebo ktorým boli udelené určité výsady v súvislosti s hraničnými kontrolami (napríklad hlavy štátov, cezhraniční pracovníci atď.),
– osoby, ktoré nemusia prekračovať vonkajšie hranice len na hraničných priechodoch a v stanovených otváracích hodinách,
– osoby, ktoré sú držiteľmi platného povolenia na malý pohraničný styk,
– členov personálu osobných a nákladných vlakov na medzinárodných nadväzujúcich trasách,
– osoby, ktoré sú držiteľmi platného zjednodušeného železničného tranzitného dokladu alebo zjednodušeného tranzitného dokladu, za predpokladu, že cestujú vlakom a nevystúpia nikde na území členského štátu EÚ.
Právny základ: článok 2 ods. 3 nariadenia (EÚ) 2017/2226